Fundada el día 26 de mayo de 1977 con el nombre de Concentración Barrios Unidos de Sur, su primer director fue Luis Gonzaga Cardona (q.e.p.d). En el bloque central de construcción para el terminal de transporte de Florencia, el cual fue adecuado para iniciar la escuela con un aporte del ICCE de $3.000.000.
En el año de 1987 se creó la jornada de bachillerato nocturno con el nombre de Colegio General Santander, bajo la dirección de Andrés Vasco.
En el año de 1995 se da apertura al grado sexto de la jornada tarde, bajo la dirección de Amanda Barreto.
En el año de 1995 se gradúa la primera promoción de bachilleres académicos jornada nocturna.
En el año de 1998 se certifica la primera promoción de bachilleres básicos en la jornada tarde.
En el año 2000 se crea la unidad administrativa con el nombre de colegio BARRIOS UNIDOS DEL SUR mediante la resolución número 0128 del 1 de febrero del 2000 y fue nombrado como rector IVAN DE JESUS GAVIRIA LOPEZ quien en la actualidad año 2011 dirige la Institución.
El 31 de diciembre del año 2002 mediante el decreto 0489 emitido por la Gobernación de Caquetá se creó la INSTITUCION EDUCATIVA BARRIOS UNIDOS DEL SUR con las sedes: Central, Pueblo Nuevo, Santa Inés, Primero de Mayo y Monserrate.
El 17 de diciembre de 2003 mediante decreto 0157 emitido por la Secretaria de Educación Municipal se estableció como parte del Municipio la INSTITUCIÓN EDUCATIVA BARRIOS UNIDOS DEL SUR con las cinco sedes.
El 2 de Noviembre del año 2005, hubo aprobación de planes de estudio mediante resolución No.603, emitida por la Secretaria de Educación Municipal de Florencia.
El 9 de Diciembre del año 2009, fue aprobada la media técnica en convenio con el SENA (Diseño para medios Impresos), mediante resolución No.977 emitida por la Secretaria de Educación Municipal de Florencia.Convenio que duro hasta el año 2012, año en el cual se graduó la última promoción de bachilleres con el título de técnicos en diseño para medios impresos además de optar el título de bachiller.
